English  |  正體中文  |  简体中文  |  Items with full text/Total items : 90453/105672 (86%)
Visitors : 14894871      Online Users : 318
RC Version 6.0 © Powered By DSPACE, MIT. Enhanced by NTU Library IR team.
Scope Tips:
  • please add "double quotation mark" for query phrases to get precise results
  • please goto advance search for comprehansive author search
  • Adv. Search
    HomeLoginUploadHelpAboutAdminister Goto mobile version


    Please use this identifier to cite or link to this item: http://asiair.asia.edu.tw/ir/handle/310904400/11022


    Title: 從蛋白質交互作用推導癌症蛋白之功能域交互作用研究
    Authors: 江文欽
    Contributors: Department of Bioinformatics
    Keywords: 蛋白質交互作用;功能域;抑癌基因;致癌基因;靈敏度; 誤判率
    Date: 2011
    Issue Date: 2011-04-06 15:00:59 (UTC+8)
    Publisher: Asia University
    Abstract: 蛋白質與蛋白質之交互作用(protein-protein interaction 簡稱PPI)產生突變會可能誘發疾病的形成,如癌症。本研究主要是藉由PPI推導致癌蛋白(onco-proteins簡稱OCP);抑癌蛋白(tumor suppressor proteins簡稱TSP)與非癌症蛋白(non-cancer proteins 簡稱X)的domain-domain interactions (簡稱DDI)規則。
    研究中主要使用三種資料,癌症相關蛋白;蛋白質相互作用及蛋白質功能域(Domain)資料,癌症蛋白資料來自Tumor Associated Gene (簡稱TAG);PPI資料來自資料庫Biogrid;功能域(Domain)資料來自Interpro。
    為了找出致癌蛋白及抑癌蛋白特異性的DDI,以一對一模型來做計算。其後分別測試OCP-OCP;TSP-TSP 和 OCP-TSP特異性DDI的靈敏度,靈敏度測試中以OCP-OCP結果最佳,靈敏度達到80.5%,TSP-TSP的靈敏度測試最低為56.6%。研究中也對誤判率(false positive)進行測試,誤判率最低的結果為使用TSP-TSP特異性DDI資料做訓練(Training),X-X資料做測試(Test),誤判率為1.73%。
    為了降低誤判率,分別找出OCP-OCP與TSP-TSP和OCP-TSP重複的DDI,以OCP-OCP training加以扣除,靈敏度以OCP-OCP結果最佳70.6%,然而以OCP-TCP為test data,誤判率降低, 代表移除共同DDI後可改善預測特異性。研究結果建置成網頁,供使用者查詢。網址: http://ppi.bioinfo.asia.edu.tw/TsgOcgppi/。
    Appears in Collections:[生物資訊與醫學工程學系 ] 博碩士論文

    Files in This Item:

    File SizeFormat
    0KbUnknown390View/Open


    All items in ASIAIR are protected by copyright, with all rights reserved.


    DSpace Software Copyright © 2002-2004  MIT &  Hewlett-Packard  /   Enhanced by   NTU Library IR team Copyright ©   - Feedback