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    Title: 甲烷生成有關之古菌獨特胺基酸序列的挖掘
    Mining for Distinct Amino Acid Sequences of Archaea Regarding Methane Production by Genome Comparison
    Authors: 沈晉億
    Contributors: 生物資訊學系碩士在職專班
    Date: 2008
    Issue Date: 2009-10-12 18:35:09 (UTC+8)
    Publisher: 亞洲大學
    Abstract: 甲烷古菌是地球上唯一能產甲烷的微生物,它們能利用氫氣與含碳化合物,以厭氧呼吸的代謝特性來獲得能量,並產生甲烷。甲烷本身是一種很好的燃料,能夠用來製作電池,也能夠進行發電,其甲烷水合物(可燃冰)更被視為未來石油的替代能源。為了探索甲烷古菌獨特的生成特性,我們藉由古菌基因體的比較,挖掘出單獨存於甲烷代謝古菌的蛋白質胺基酸編碼序列(CDS),並調查其功能特徵,以提供給生物學家做進一步的研究參考。本研究方法分為三個步驟ccolon (1)CDS的分群(2)挖掘具代表性的獨特CDS群組(3)調查代表性CDS群組的生物功能特徵。首先從NCBI下載45株古菌全部的CDS(coding sequence)序列(19株甲烷生成古菌, 26株非甲烷生成古菌),並建立CDS序列資料庫(共98716條),利用Blastp(Identity>=30,E-value<=e-30)來做CDS相似性序列的排比分群,然後利用集合論中的差集方式,找出只存於某類別中的CDS群組,再做CDS群組覆蓋率(Coverage)的評估計算,最後挖掘出21群甲烷代謝的代表性獨特CDS群組,調查它們在NCBI的蛋白質功能註解,其中12群為參與催化甲烷化作用及固氮作用的酵素群, 9群是假設性蛋白質(hypothetical protein);這9群假設性蛋白質再以Blastp一對一的的排比方式,探勘出4群可能的功能特徵。
    Appears in Collections:[生物資訊與醫學工程學系 ] 博碩士論文

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